Die WTSH ist die zentrale Antrags- und Bewilligungsstelle des Landes für betriebliche Innovations- und Außenwirtschaftsförderung. Die Fördergelder werden als nichtrückzahlbare Zuschüsse gewährt. Im Mittelpunkt der Förderaktivitäten stehen kleine und mittlere Unternehmen mit Sitz oder Betriebsstätte in Schleswig-Holstein.

Die Innovationsförderung wird im Rahmen des Zukunftsprogramms Wirtschaft (ZPW) durchgeführt. Das ZPW bündelt die wichtigsten wirtschafts- und regionalpolitischen Fördermaßnahmen des Landes und wird aus dem Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) kofinanziert. Übergeordnetes Ziel ist die Erhöhung der Wettbewerbsfähigkeit sowohl des Standorts Schleswig-Holstein als auch der schleswig-holsteinischen Unternehmen und damit einhergehend auch eine Steigerung der Beschäftigung. Es werden gezielt vorhandene Stärken und Wachstumspotentiale ausgebaut, insbesondere durch noch mehr Investitionen in die Zukunftsthemen Innovation und Wissen.